Üst solunum yolu enfeksiyonları: Haemophilus influenzae ve Moraxella (Branhamella) catarrhalis'in beta-laktamaz üreten suşlarının neden olduğu farenjit, otitis media, sinüzit, tonsillit. Alt solunum yolu enfeksiyonları: Haemophilus influenzae ve Moraxella (Branhamella) catarrhalis'in beta-laktamaz üreten suşlarının neden olduğu akut ve kronik bronşit, farenjit, pnömoni, ampiyem, akciğer abseleri. Deri ve yumuşak doku enfeksiyonları: Staphylococcus aureus (metisiline dirençli suşlar hariç), Escherichia coli ve Klebsiella türlerinin beta-laktamaz üreten suşlarının neden olduğu selülit, abse, yara enfeksiyonları, intraabdominal sepsis. Üriner sistem enfeksiyonları: Escherichia coli, Klebsiella türleri ve Enterobacter türlerinin beta-laktamaz üreten suşlarının neden olduğu sistit, üretrit, piyelonefrit, puerperal enfeksiyonlar, septik abortus. Ampisiline duyarlı mikroorganizmaların neden olduğu enfeksiyonlarda da kullanılır. Bu nedenle, ampisiline duyarlı ve beta-laktamaz üreten mikroorganizmalar amoksisiline duyarlı olduğundan bu organizmaların neden olduğu karma enfeksiyonlarda başka bir antibiyotik ilavesine gerek yoktur. Çünkü amoksisilinin Streptococcus pneumoniae'ya karşı in vitro aktivitesi ampisilin veya penisilinden fazladır. Ampisilin veya penisiline orta derecede duyarlılık gösteren Streptococcus pneumoniae suşlarının çoğu amoksisiline duyarlıdır.